В 2015 году Токио-3 переживает сложные времена. Пятнадцать лет назад мир потряс Второй удар, катастрофа, которая привела к разрушению Антарктиды и вызвала глобальные последствия, о которых человечество до сих пор не может забыть. Большая часть населения погибла, и теперь оно налетает на «ангелов» — таинственных существ, грозящих уничтожить оставшуюся цивилизацию. Единственным средством защиты от этих чудовищ стали гигантские биотехнологические роботы, известные как «Евангелионы». В центре событий оказывается четырнадцатилетний Синдзи Икари, который пытается наладить отношение с отцом, главой могущественной организации NERV, ответственной за защиту человечества от ангелов. Впрочем, его намерения ненависти к родному родителю остаются неясными, пока судьба не сталкивает его с реальностью. Синдзи направляется к месту встречи с отцом, но судьба распоряжается иначе: Токио-3 внезапно подвергается атаке одного из ангелов. В этой критической ситуации у юноши нет ни времени, ни сил на размышления о своих чувствах — он оказывается втянут в борьбу, где его жизнь и жизни многих других висят на волоске. С помощью капитана Мисато Кацураги, храброго и решительного лидера, Синдзи попадает в подземный штаб NERV, единственное безопасное место в этом хаосе. Однако, когда он наконец оказывается лицом к лицу с отцом, чтобы высказать ему все свои недовольства, обстоятельства вынуждают его сделать выбор — сесть за управление Евангелиона и сразиться с ангелом, угрожая всему, что осталось. Теперь юноше предстоит взять на себя груз не только собственных переживаний, но и ответственности за судьбу мира. В глазах Синдзи начинают пересекаться ярость, страх и стремление к признанию, и каждый новый бой становится не только борьбой с внешними врагами, но и внутренним самоопределением. Ему предстоит сложный путь, который изменит его навсегда, и на его плечах — надежда на спасение человечества.